علامه الحاج شیخ محمد علي مدرس افغاني فرزند مرادعلی در سال 1284 خورشیدی در قریه خاربيد المیتوی جاغوري از توابع ولایت غزنی کنونی چشم به جهان گشود. محمدعلی مدرس آن زمانیکه اصلا در مناطق دور دست جاغوری مکاتب رسمی دولتی فعالیت نداشت ، تحصیل ابتدائی را در نزد پدر مرحومش و عالم منطقه مشهور به شیخ خاربید فراگرفت و درآغاز نوجوانی همراه با پدرش عازم ایران شد و در مشهد مقدس رضوي تحصيلات خود را ادامه داد. شرح نظام را نزد اديب اول و ساير متون درسي ادبي را از عالم معروف شيخ محمد تقي هروي مشهور به اديب نيشابوري آموخت. 
وي در حدود سال 1304 خورشیدی رهسپار حوزة علمية نجف شد. پس از تحمل مشكلات و سختي‌هاي بسيار و خستگي طاقت فرسا با پاي پياده به نجف مي‌رسد و با كمال فقر و تهي دستي به دنبال مدرسه و درس به اين جا و آن جا سر مي‌زند، اما موفق به پيدا كردن خوابگاه و مدرسه نمي‌شود. شب‌ها را در صحن اميرالمومنين (عليه السلام) به صبح میرساند و روزها را به درس و مباحثه و فراگيري دانش مي‌گذراند. وي مدت‌ها به جاي كفش، مقوايي را با نخ به پاهايش بسته براي نظافت خود و شستشوي لباس‌هايش روزهاي جمعه به پانزده كيلومتري نجف رفته در نهر فرات به شستشوي خود و تنها لباسي كه بر تن داشت مي‌پرداخت و پس از خشك شدن لباس‌ها و استحمام، به حوزه بر مي‌گشت. مدتي را به اين منوال سپري كرد تا اين كه روزي پس از توسل و دعا در حرم اميرالمومنين (عليه السلام) از سوي بيت حضرت آيت الله سيد ابوالحسن اصفهاني دعوت مي‌شود و پس از تفقد، شهريه‌اي برايش مقرر مي‌شود و به اين ترتيب بهبودي نسبي در وضعیت اقتصادی وي حاصل مي‌شود.